Los consejos que recibe Salvany en La Guayra antes de la división de la Expedición son los siguientes.
Primero: que debe mantener la unión entre los expedicionarios.
Segundo: conseguir la eficacia, presteza y exactitud en sus operaciones.
Tercero: dar la atención y deferencia debida a los Gefes con quienes tuviese que entenderse.
Cuarto: conservar constantemente fresco el fluido vacuno.
Quinto: que cuando comience un viaje se vacune primero a los niños de constitución más robusta dejando a los más débiles para el final.
Sexto: procurar llegar a las ciudades cuando el fluido esté en sazón para que así pudiesen hacer las operaciones sin demora.
Séptimo: tomar todas las decisiones con el acuerdo de las autoridades locales.
Octavo: establecer en cada capital una Junta Central de Vacuna bajo la misma forma y reglas que en Caracas.
Noveno: observar y dejar constancia escrita de las operaciones y la evolución de las vacunaciones (5).
Balmis elige a Salvany por su exquisita formación, por su buen hacer y por su sumisión ante las decisiones del director de la Expedición. No elige a una persona crítica. La elección es óptima, aunque no tiene en cuenta su salud.
La propagación de la vacuna por el territorio andino también tuvo que salvar muchos obstáculos. La vacuna no fue bien aceptada por los naturales. El entusiasmo de las autoridades locales del inicio se desvaneció con el tiempo (6).
La estancia en la ciudad de Lima, de mayo a noviembre de 1806, después de haber recorrido más de la mitad de América Meridional, coincide con la etapa de desarrollo intelectual de Salvany.
Los éxitos de la vacuna se ensombrecen en la capital del virreinato peruano. Profesionalmente, la experiencia limeña no fue positiva para Salvany, ya que denuncia que los facultativos de esos territorios habían propagado la vacuna sin precaución, ni método hasta el punto de envilecerla y de comerciar con ella (7).
Al mismo tiempo que Salvany se crea una enemistad con los facultativos locales, entra en contacto con los círculos universitarios. La Real Universidad de San Marcos concedió a Salvany el título de Bachiller en Medicina. Para conseguir este grado pronunció dos discursos: uno de ciencia médica, titulado Que el galvanismo era una electricidad negativa, por cuyo medio se explicaban los fenómenos que producía en el cuerpo humano, y otro de ciencia física, titulado Que los picos de los Andes haciendo de conductores eléctricos, descargaban la atmósfera de la costa e impedían tronase en ella.
La estancia limeña fue prolongada. Tenía que recuperar la salud que había perdido en el trayecto andino. Salvany une el estudio al reposo. Resultado de este esfuerzo intelectual es la consecución del grado de Licenciado en Medicina el 8 de noviembre y el grado de Doctorado en Medicina el 30 del mimo mes. Toda esta actividad científica e investigadora realizada por Salvany en San Marcos estuvo dirigida y supervisada por el Dr. José Hipólito Unanúe (8).
Si su vida en la Península estuvo marcada por su actitud y comportamiento ante la enfermedad, no es extraño que en el territorio americano, su vida también se viese condicionada por su falta de salud.
Nada más comenzar el ascenso de la cordillera andina, el subdirector comienza a manifestar síntomas de debilidad. Perdió el ojo izquierdo a causa de una fuerte fluxión que le sobrevino durante la navegación por el río Magdalena. En su tránsito por la cordillera andina se dislocó la muñeca derecha, que conservaría prácticamente inmovilizada, sin capacidad ninguna para coger peso. El reumatismo se cebó con ella y al final de sus días malamente vacunaba y escribía con esa mano.
Pero lo más grave es que por el efecto de la altura resultó afectado del pecho y cuando recaía echaba sangre por la boca. En sus cartas, Salvany comenta que sufre enfermedades como tercianas, garrotillo, mal de pecho, opresión y fuerte mal de corazón. Estos eran diferentes modos de denominar el paludismo, la difteria y la tuberculosis (9, 10).
Junto con las enfermedades, Salvany sufría fiebre, afonía casi crónica, falta de apetito y agotamiento general. Estas enfermedades se agudizaban por su extraordinaria y ardua labor en climas inadecuados y extremos.
El minucioso recorrido que realizan Salvany y sus hombres es obligadamente lento. A medida que el grupo se implica más en la campaña sanitaria, se ralentiza la Expedición Vacunal porque, además de propagar la vacuna, se implican más en el conocimiento de esos territorios, sus gentes, sus costumbres, y su modo de vida. Quedaba mucho terreno que recorrer y la salud del subdirector no mejoraba. Los informes médicos no eran halagüeños. El cuadro clínico se agravará. La enfermedad impedirá que Salvany vuelva a la Península.
Se confundía con la Apoplegia por la intermitencia de su pulso, y por la respiración estertorosa precedida de movimientos convulsivos; y el sincope en su cesación, nos presentaba un espectáculo de horror: Pero como recordaremos, su constitución muy sensible, e irritable, la obstrucción de un Pulmón, la hemoptisis, que desde el día de su arribo le habíamos notado, y advirtiésemos el incesante trabajo en el cumplimiento de su cargo, el empeño en aliviar a los miserables enfermos de Medicina, y Cirugía que exigían de sus manos el alivio, y el estado de la Atmósfera; nos proponemos el remedio, y corresponden los efectos a nuestro interés a las once horas de la afección; en que desembarazado su sensorio, conoce lo que ha sufrido, y respira con libertad, continuando su restablecimiento hasta verlo fuera de la cama. Mas, como no es posible una radical curación de tan cruel enfermedad por no permitirle las obligaciones que le conducen a residir en este lugar hasta su entera sanidad, nos toca prevenirle; que su viaje le será demasiado penoso, y fatigado, y que acaso sufrirá otro insulto vigoroso por entrar en estaciones de aguas, y nieves muy propias para destruirlo, y en Países donde la falta de Facultativos y de medicinas, solo proporcionarían su ruina (11).
Salvany no permanece al margen de la enfermedad que tiene. Sabe que no podrá regresar a la Península. Frente a esta realidad solicita a la Corona empleos que le asienten en un lugar y le permitan vivir con dignidad sin estar vinculado a la Expedición Filantrópica.
Desde Puno, en octubre de 1808, solicita un cargo de regidor. Desde La Paz, en abril de 1809, solicita el cargo de intendente de esta ciudad. Desde Oruro, en junio de 1809, solicita nuevamente un cargo de regidor. Como no le autorizan ninguno de estos cargos públicos y ante el temor de morirse de hambre si renuncia a su cargo en la Expedición Vacunal, continúa su periplo en bien de la salud pública.
No puede parar para restablecerse y en su deambular pasa por poblaciones que carecían de facultativo y de remedios para mejorar su salud. El paso del tiempo y la movilidad por un territorio cada vez más difícil, lejos de mejorar, agravan su quebrantada salud.
Finalmente, cumpliendo con el cometido encomendado en pro de la salud pública, no le resisten más las fuerzas. Muere en Cochabamba el 21 de julio de 1810 y es enterrado en la Iglesia de San Francisco. Había recorrido buena parte del territorio americano, enfermo, con escasísimos medios económicos, luchando contra las inclemencias de la naturaleza hasta dejar su vida en este empeño (12).
