Todas las autonomías recogen las vacunas fijadas en el Consejo Interterritorial de Salud, el mínimo necesario, pero hay algunas que van más allá con la incorporación de dosis frente a otras enfermedades. Entre los calendarios más completos se encuentran los de Madrid, Navarra o Galicia.
Aunque el índice de cobertura de vacunación en España está por encima del 90% – 95%, no está protegido de la misma manera, un bebé madrileño que uno gallego o aragonés. En España conviven actualmente hasta 19 calendarios vacunales distintos. El coordinador del Comité Asesor de Vacunas de la Asociación Española de Pediatría, Josep Marès, señala la "equidad", que todos los niños puedan recibir las mismas vacunas, como la primera razón para unificar los 19 calendarios que existen actualmente. Tener un mismo calendario facilitaría también la compra de vacunas a precios más competitivos, ya que ahora cada comunidad autónoma tiene que sacar a concurso la adquisición de las dosis. Realizar una compra mayor abarataría los costes.
Se trata también de "racionalizar" la situación de forma que si un niño nace en una comunidad pero sus padres se van a vivir a otra no pierda vacunas, pero tampoco las duplique. El Senado ha rechazado una moción del Grupo Parlamentario Popular, en la que se reclamaba que se implante un calendario vacunal común para toda España, de acuerdo con las Comunidades Autónomas y en el seno del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud.
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